Toen in 1940 de dijk rondom de Noordoostpolder werd gesloten, doofde het licht van Kraggenburg. In 1942 werden de leidammen grotendeels verwijderd. Stenen werden gebruikt voor de versterking van de polderdijken. De sporen van de dammen zijn nog altijd terug te vinden in het landschap. De glooiende akker van Zwartemeerweg 62, en de akkers rondom Oud-Kraggenburg zijn hiervan het tastbare bewijs. Na de vondst van aardewerk, scherven en pijpenkopjes, ontstond het idee de geschiedenis van deze plek opnieuw onder de aandacht te brengen.
De lichtwachterswoning bleef behouden, geheel omsloten door land, en kreeg de naam Oud-Kraggenburg. Vanaf 1943 verhuurde de ‘Dienst der Domeinen’ de woning aan de familie Bergman, en later aan de familie Pluister. Vanwege de hoge onderhoudskosten overwoog Domeinen begin jaren zeventig, de woning af te breken. Omdat Oud Kraggenburg in 1969 de status van Rijksmonument had verworven, ging dat niet door. Uiteindelijk werd de lichtwachterswoning in 1971 verkocht aan de familie Pluister. Sindsdien is het particulier bezit. Nieuwe eigenaren hebben de woning ingrijpend gerenoveerd en aangepast aan de eisen van de huidige tijd.